Bối cảnh trong Mutant Year Zero: Road to Eden diễn ra trong hoàn cảnh Trái Đất bị phá hủy bởi vũ khí hạt nhân. Tình hình biến đổi khí hậu cực đoạn, khủng hoảng kinh tế toàn cầu và gia tăng căng thẳng giữa các siêu cường quốc cũ và mới, dẫn đến tình trạng loài người gần như đã bị tuyệt chủng. Thế giới chỉ còn hai nhóm thống trị là những kẻ đột biến có hình thù nửa người nửa động vật và lũ ghoul khát máu. Cuộc phiêu lưu của người chơi bắt đầu với hai nhân vật đột biến Dux và Bormin dưới hình hài một người vịt và một người heo (lợn), trên bước đường tìm kiếm một “thiên đường sống” như cái tên của trò chơi và những nhân vật khác.

Lối chơi của Mutant Year Zero: Road to Eden chủ yếu chia thành hai hướng quan trọng là khám phá theo thời gian thật và chiến đấu theo lượt. Nội dung của game cũng được thể hiện qua những cuộc trò chuyện, hoặc lời kể của các nhân vật trong những phân đoạn này, cung cấp cho người chơi cái nhìn rõ nét hơn về thế giới quan của trò chơi. Đặc biệt, khám phá đóng một phần khá quan trọng trong trải nghiệm vì nó giúp bạn kiếm được trang bị tốt cho nhân vật, một yếu tố quan trọng để giành chiến thắng trong những trận chiến theo lượt. Trò chơi ẩn giấu rất nhiều thứ trong môi trường màn chơi, do vậy nếu không chịu khó khám phá thì bạn có thể bỏ lỡ rất nhiều cơ hội chiến thắng cho nhân vật.

Hệ thống chiến đấu trong Mutant Year Zero: Road to Eden mang nhiều yếu tố giống tựa game chiến thuật theo lượt XCOM, nhưng được bổ sung thêm một số tính năng khá thú vị, chẳng hạn như khả năng hành động lén lút để phục kích kẻ thù trong những tình huống bất ngờ nào đó. Yếu tố này kỳ thực đóng vai trò khá quan trọng trong trận chiến, buộc người chơi phải phân tích kỹ “tình hình chiến sự” trước khi tiêu diệt kẻ thù, nhưng phải tránh không bị chúng phát hiện hoặc kịp thời báo động kêu thêm đồng bọn tới. Để giúp tăng thêm tính chiến thuật trong trận chiến, game sử dụng các vòng tròn tầm nhìn bao quanh kẻ thù giúp người chơi bao quát được mức độ nguy hiểm mỗi khi bạn tiếp cận quá gần với chúng.

Cơ chế này cho phép người chơi nghiên cứu kỹ thói quen di chuyển của kẻ thù, thiết lập vị trí thuận lợi cho việc đột kích và dễ dàng triệt tiêu các mục tiêu nhanh chóng trước khi chúng kịp nhận ra sự xuất hiện của những Stalker. Đây là cách gọi trong game về các nhân vật của người chơi. Trong khi đó, mỗi nhân vật chỉ có thể thực hiện hai hành động trong mỗi lượt và đặc biệt là “lên đạn” cũng được tính là một hành động trong số này. Có thể nói, Mutant Year Zero: Road to Eden đã xây dựng một hệ thống chiến đấu khá phức tạp, đòi hỏi người chơi phải liên tục tận dụng nó để giành chiến thắng. Điều này đặc biệt quan trọng khi ở đầu game thì kẻ thù rất “trâu bò”, nếu bạn không xây dựng chiến thuật hợp lý để “tỉa” từng tên thì hậu quả không cần phải nói cũng biết.

Thế nhưng ngay cả khi bạn có thể hạ gục cả một nhóm kẻ thù thì mối nguy hiểm vẫn không hề giảm bớt. Vì máu của kẻ thù thường gấp ba lần các Stalker của người chơi và tỷ lệ trúng 75% nghe có vẻ to tát nhưng thật ra lại là những tình huống “dở khóc dở cười” trong trải nghiệm. Chuyện bắn hụt diễn ra như cơm bữa. Chưa kể, ở thời điểm mới chơi thì lựu đạn lại khá yếu khi bạn chưa có nhiều nâng cấp cho nhân vật và trang bị, chứ không như trong mấy game FPS quăng một trái thì cả một quân đoàn cũng “đo đất” hết. Người chơi phải tập làm quen với điều này vì nó sẽ diễn ra khá thường xuyên trong trải nghiệm ban đầu, cho tới khi bạn nhận ra rằng cấp độ của nhân vật không phải là yếu tố quan trọng. Chính trang bị của các Stalker mới đóng vai trò to lớn trong khả năng sinh tồn giữa những cuộc chiến.

Một yếu tố cũng không kém phần thú vị và mang đậm tính chiến lược là phần lớn môi trường màn chơi đều có thể phá hủy. Điều đó có nghĩa là không có chỗ ẩn nấp nào “bền vững theo thời gian” và bạn không có lựa chọn nào khác là phải tận dụng điều này. Đơn cử như một thân cây to sẽ là một chỗ nấp tốt hơn nhiều so với một tấm gỗ mỏng manh. Thậm chí tính chiến thuật còn hấp dẫn hơn khi những bức tường cũng có thể là một vị trí chiến lược tuyệt vời. Bạn có thể nhắm bắn giữa những khe hở của bức tường, hoặc đập vỡ chúng bằng kỹ năng của Bormin rồi “tống” cho tên ghoul nấp đằng sau đó một viên shotgun nhanh gọn lẹ với cảm giác cực kỳ thỏa mãn.